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曾為僧人的明朝開國皇帝朱元璋，於洪武六年，下詔全國僧尼，普遍實行發放度牒的制度，取消了唐宋以來各朝對出家僧侶的限制。雖然擴大發展了佛教，但也因此產生嚴重流弊，莊嚴的佛門淨地，容易成為藏污納垢的場所。

蓮池大師，看到了當時這些弊端，深悲末法眾生，業深垢重，教綱衰滅，戒律鬆弛，於是毅然地承擔起整飭清規的歷史責任，在西湖邊建立規約嚴謹的雲棲寺。自此，法道大振，十方衲子，望風如歸，海內賢豪，多受感化，雲棲寺遂成一大叢林。憨山德清大師曾撰〈古杭雲棲蓮池大師塔銘〉，由此文可見此一史實：

吾師蓮池大師，因其崇高的道風，雲棲寺逐漸遠近馳名，十方僧侶仰望而來歸附，吾師全都以慈悲心接納。弟子一天一天地增加，居住的地方也就一天一天地顯得狹隘，吾師並不打算擴大整建房子，只採取安定舒適，維持夠住就好。

吾師制定的清規戒律，愈加地嚴謹有法度，大眾有共同使用的坐禪通堂（注）。如果想精進用功、老病須修養，或十方行腳僧有需求，則有專用的別堂。所有執事各有寮房，每一間都有鎖和鑰匙，按規定時間打開和鎖門。各有惕勵鞭策的法語，依規定的日期宣說。到了晚上，有巡查警戒，敲擊響板念佛，聲音傳遍整個山谷。即使疲倦了，眠不安逸，睡不入夢。

每半個月，集眾說戒、懺悔的布薩羯磨，列舉僧眾的功勞和過錯，實行獎賞和處罰，以此進用或辭退人員。凜然嚴正有如皎潔冰霜，令人敬畏有如斧鉞刑具。即便是佛住在祇樹給孤獨園時，還有惡性比丘六人結黨，擾亂大眾修行，然而雲棲寺沒有一人敢爭論而故意違犯的。雖然不全然像唐朝懷海禪師「百丈清規」的標準，可是吾師適時地整頓弊端，古今叢林，沒有像今日的清澈明淨，端正嚴肅。雲棲寺所立的規約，及各種警語，顯赫令人敬畏。

吾師極力戒除殺生，崇尚放生，撰寫《戒殺放生文》，此文流通於世已久，海內外多恭敬遵循。並於杭州城內城外設立放生池，每年花費合計一百多兩銀子。山上設有放生的地方，購買救拔的飛禽走獸等各種生物，充滿其中，僧眾減少自己的道糧，來飼養這些生物。

每年餵養牲畜的草料，大約需要二百石（案：明朝一個九品官員的月俸祿是五石糧食，一石是九十四點四公斤）。放生池也有警策法語，負責看守的人必須依照規定日期前往宣讀。善於鳴叫的鳥類，聽到木魚的聲音，都安靜聆聽；宣讀完畢，才鼓動翅膀喧叫，這不就是「眾生皆有佛性」的明證嗎？

佛說「孝名為戒」，孝順父母就是戒，孔子呵斥「養而不敬」奉養父母而不能恭敬父母的人子。吾師對於動物恭敬飼養，而且以禮對待，這不是天下公認的最大孝道嗎？

吾師的道風一天天地傳布開來，海內賢達豪傑，無論朝野，沒有不誠心歸附的。