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蓮池大師參方行腳，與一行人至北京，膝行再請遍融禪師開示。遍融說：「無貪利，無求名，無攀緣貴要之門。惟一心辦道，老實持戒念佛。」接引貴人政要學佛，可護持佛法，何以要叮嚀學佛修行人「無攀緣貴要之門」？遍融深受其害，故懇切相告。

從四川至北京的遍融禪師，參遍各地講席，深遊《華嚴》法界，心心念念口口聲聲不離《華嚴》。明神宗生母慈聖皇太后，興建北京什剎海叢林，即請遍融駐錫。在杲日寺講《華嚴經》時，有僧口出狂言，觸怒當時的太宰，供詞牽連遍融，被逮下獄。有兩位獄卒百般折磨，以為遍融名重一時，必擁藏多金，強行索賄。遍融說：「僧人那有錢？」一分錢也不給。獄卒便將遍融放入鐵閘床行刑，非常痛苦。此時，遍融一心稱念「大方廣佛華嚴經，華嚴會上佛菩薩」，鐵閘床竟聒聒作響，最後轟然裂開，獄卒駭異，受到感化。

在刑部，雖苦逼萬端，但遍融處之安然。同受刑者看了都不忍卒視，驚訝他何以承受得了？遍融說：「無他術也，心存中正。雖處患難，而不知有患難也。」在獄中，很多人送物品供養，遍融都分給獄中囚眾，人人普受均沾，必得人人都得到一樣的精緻好物，他才接受，否則便極力推卻，絕不獨自入口食用。獄中囚眾因此感動，相率皈依。在圜扉牢獄之中，佛聲浩浩洪亮。

遍融禪師在獄中前後三個月，經陳文肅公、張居正等高官上疏，證明禪師清白無有罪證，請求赦免，神宗又得悉遍融念《華嚴》破閘事，因此得以出獄。遍融念此段苦緣應有百日，現今還未期滿，而且不能捨下獄中囚眾，堅持不肯出獄。出獄時，同時幸而脫險者百餘人。

遍融禪師因遭小人誣陷，入獄受苦，後得以倖免，原因為何？紫柏大師在〈復敬郎〉書函說：「操履光耿，亦不下古人」，平日堅持的操行，光風霽月，耿直不曲，只要審問明白，心事頓明，進讒的小人便無計可施，最終就能取信於天下人。這一段冤獄因緣，正可顯出遍融的德風，紫柏大師歎說：「松柏不歷風霜，黃金不經罏冶，道人不涉逆境，孰辨真偽？」學佛修道不經逆境磨練，無以辨別誰真誰偽。

道人謀道憂道，故無處不是道場。遍融禪師在獄中以佛法信念降伏獄卒，以慈悲關愛憐憫囚眾，深得人心。獄中，勸人皈依，勸行十善，勸斷十惡，故蕅祖云：「惡因緣是好因緣，莫謂囹圄非自利利他地。」

紫柏、憨山、遍融三位高僧緣結北京，難免與達官貴人互有往來，惟明代的朝廷常有政爭，故三位大師皆受無妄之災，坐過刑部大牢，紫柏大師還因此命絕獄中。蓮池大師謹記遍融禪師所囑「無攀緣貴要之門」，遠避江南，少與貴要交往，故〈蓮池本師行略〉云：「隆、萬以來，法門之以事波及者，亦往往聞之，獨此地青山白雲，依然無恙。」雲棲寺在西湖一隅，不大事修築，不求名，不求利 ，惟有一心辦道，故能周全道業。