太始元年，武帝大赦天下，司馬遷回到朝廷任中書令。五十五歲時完成《太史公書》，網羅天下舊聞，綜合事實的始末，紀錄各代政事的成敗興壞，從黃帝開國至漢武帝。共有十表、十二本紀、書八章、世家三十、列傳七十，凡一百三十篇。
全書宗旨在「究天人之際，通古今之變，成一家之言。」也就是以歷史中人事成敗、國政興衰，印證天道的消長盈虛，由此窮究天道人事相合的道理。並且條貫古今的史實，了解其中演進的原則、慣例，以此貫通古今變化的道理。並且由此完成窮究天人、通達古今的一家史觀與學說。
體例中「本紀」是以編年方式，記帝王世系、事蹟、政事、興廢等整體面相，是全書綱維。「表」是表明的意思，以經緯交織的表格形式，將事件與時代會通，既節省文字敘述，又可使事件的綱目彰顯。而司馬遷為表作序，序中更見其精湛的史觀，使十表尤具價值。
「書」即「志、誌」之意，乃贊述禮樂沿革、典章制度、社會經濟、兵法六律、封禪祭祀、陰陽曆法、河渠水利等事。「世家」是敘述諸侯王的年代、世系、興亡事蹟，亦編年紀事。「列傳」是敘列賢德及有特殊才能者的言行事功，以及邊疆列國的情況，使傳於後世。
依前述可知，各體例皆有其定義規範，然其中也有不合於規範的安排，這些不合乎正格的篇章，即稱為變例。或有史學家認為如此安排，造成體例不能整齊劃一，視為缺失。其實不然，因那不是錯誤的安排，而是太史公史識的表現。
例如：孔子非世襲王侯，不宜入世家，但從〈孔子世家〉可知，孔子學說上承堯、舜、文、武、周公，是中國道統發揚光大者，也是集大成者。由後期觀之，自天子、王侯以降，舉凡言六藝者，皆折衷於夫子；各朝政治文化皆受孔子思想所影響，不但受尊稱為至聖，也被尊稱為「素王」。在文化道統傳承上的地位，又豈是一般子學家可比擬？故入世家並無不當。由此也顯現司馬遷於西元前的時代，就已經見到孔子學說傳世久遠的成就與價值，此等史識不可不讚歎。
班固《漢書•司馬遷傳》贊曰：「其是非頗謬於聖人，論大道則先黃老而後六經，序游俠則退處士而進姦雄，述貨殖則崇勢利而羞賤貧，此其所蔽也。」
案：司馬遷將老、莊、申、韓放在列傳，與孔子弟子同等，而將孔子放入世家，就是尊聖人的最佳證明，豈是「先黃老」？在〈太史公自序〉中講述五經要義，尤其詳闡《春秋》政教意義，備極稱許《春秋》價值，而未對黃老之學有所闡述，此又豈是「後六經」？
《太史公書•游俠列傳》開首就藉韓非之言，表明「儒者以文犯法，俠者以武犯禁」皆不當，也議論游俠「行不軌於正義」。他述游俠，不是看輕貧賤處士，反而是對君子守道義，不媚合流俗，因此處境困窮的儒者有所不平。再者，他所舉述的游俠，多是重承諾、好施救、不矜誇自大者，比起虛偽君子，更值得讚揚。因此不能說序游俠就是退處士而進姦雄。
太史公也未崇勢利而羞貧賤，而是藉正確的經濟思想，諷諫武帝的缺失。認為國家應實行自由經濟，以供需平衡為準則，使經濟發達，民富而國富，故主張藏富於民，反對與民爭利。而漢武帝雖獨尊儒術，卻在經濟政策上傾向法家，重國計，主張充實國庫，干預市場經濟，這是太史公所反對的。
由以上正可得出此書的價值，即作者用一家的學養、智慧，獨特的見識、才能，通貫古今人事變化的道理，窮究天人之道的合一，再創《春秋》大義。
