第二是「圓入別二諦」。當別教人悟到中道時，其利根之人就同時能悟到圓教的中道，如此就被圓教所接，故有圓入別二諦。其內容為何？曰「幻有、幻有即空為俗」，此與「顯中二諦」相同，俗諦指的是幻有、以及幻有即空的空理；真諦是「不有不空一切法趣為真」，這個真諦與前面顯中二諦略有不同，它所講的已是圓融的中道佛性，所以加了一句「一切法趣」，意謂這個不有不空的真諦（中道佛性），不是純粹的法性理體而已，而是所有十法界的諸法，都趣入到中道佛性來。可見俗諦尚屬別義，真諦則已成圓義了。
針對「一切法趣」，《大智度論》中又加了一句「是趣不過」，謂趣入中道佛性時，一切法都趣入，沒有一法遺漏，也就是說中道佛性裡面具足一切法。所以別教的但中佛性與圓教的中諦佛性，一個是「但中」，一個是「圓中」，而即以具或不具一切法，來分辨二者所說的佛性。
天臺宗所以又名「性具宗」，主要就在於圓教所講的真如法性具足一切法。而徹證了此法性的佛，因為具足一切的善法，所以可以正面的行六度萬行、廣度眾生；同時也具足一切的惡法，所以也可以反面的示現病行、嬰兒行，去度化其他惡質的眾生。
一般大家都說真如本性中具足一切善法，至於也同時具足一切惡法的部分，大家都不敢講，只有天臺宗敢大膽地說，而且特別標榜「性惡」的理論。因為性惡，本性具足一切惡法的關係，就特別突顯出佛性裡具足一切法，這是圓教之理。
因此「圓入別二諦」，其俗諦還是別教之理，但真諦已經入了圓教之理，一半是別教之理，一半是圓教之理，故名「圓入別二諦」。或問：「此與圓教的『不思議二諦』有何不同？」答曰：「不思議二諦」的俗諦是「幻有、幻有即空」，且「一切法趣為俗」，俗諦也具足一切法。所講的真諦是「不有、不空、一切法趣不有不空為真」，真諦也同樣具足一切法。所以統合起來看，俗諦就是真諦，真諦就是俗諦，真俗不二，故名「不思議二諦」。
古來最難的就在分辨別圓二諦與別圓三諦的義理上，尤其在宋朝初年，天臺教部因為毀於兵燹，眾人當時還沒有智者大師的著作可以依憑，所以一個人說一套，又不免羼雜了其他宗，像華嚴、禪宗的學說，一下子就弄不清楚了，之後才有幾十年「山家」、「山外」的義理之諍，此點大家可以進一步再去研究。
知道別教二諦以後，三諦就容易明白了。前面「顯中二諦」，是合「幻有、幻有即空為俗」，而以「不有不空為真」；現在「別三諦」，則是分俗諦為二，即「幻有」是俗，「幻有即空」為真，而另外取原來的真諦「不有不空」為中，這就是別教本身教道上所講的三諦。
至於「圓入別三諦」，即「幻有為俗」、「幻有即空為真」，真諦和俗諦，仍屬別教義；中諦則是「不有不空一切法趣」，即一切法趣入「不有不空」之中道法性，這已經是圓教的圓融中諦，本身具足一切法了，所以稱之為「圓入別三諦」。
若是後面的圓教有所謂「圓妙三諦」，則以「幻有為俗」，又說「一切法趣俗」，即俗諦具足一切法；又以「幻有即空為真」，又說「一切法趣真」，真諦也具足一切法。而以「不有不空為中」，又說「一切法趣中」，中諦也是具足一切法。所以三諦其實就是一諦，一諦就是三諦，故名「圓妙三諦」。由此可知天臺宗何以講「一空一切空」、「一假一切假」、「一中一切中」，因為三諦即是一諦，一諦即是三諦。現代街上有廣告術語曰「一即一切」，這是什麼意思？若是未聽聞過佛法，不知別圓教的妙理，恐怕很難去理解吧！
以上也順便把圓教略說了一下，因為有圓入別二諦、圓入別三諦，所以別教利根之人，在修學別教的過程中，當他見到中道佛性時，有可能不但見到但中諦，還能見到圓中諦；一見到圓中諦，就可轉入圓教、或被接入圓教。所以佛在說別教的教理時，為了契這類眾生的根機，就得事先埋伏擬宜，做了這樣的施設安排。
【前期連結】天臺教觀略說講記（四十一）