蕅祖五十二歲，在北天目山結夏安居，述《占察經疏》。蕅祖早在三十三歲時，聞得有人講說《占察》妙典，便遣人到雲棲寺請得。展讀之後，悲欣交集，隔年便依經建立「占察懺法」，為道友講演，那時即有作疏的願力。無奈「病冗交遝」，疾病煩務交互纏身，十五年來，《梵網》、《佛頂》、《成唯識》、《法華》皆已註釋，唯獨這夙願，尚未填還。
五十二歲時，念末法欲得清淨戒體，捨占察輪相法，更無別途。於是「爰命筆於六月朔，越十四日成稿」，十四天完稿。蕅祖願此《占察業報經疏》，如輸一滴水以益大海，捧一塵土以培須彌，雖無補於山之高水之深，但「庶善鑽於乳酪」，引導大眾善製乳酪，共享醍醐美味。
蕅祖五十四歲，住晟谿（今浙江吳興附近），述《楞伽義疏》，遷到嘉興的長水，才完成全書。自「六月初三日舉筆，至八月十一日閣筆」，七十天內，「佛事魔事，病障外障，殆無虛日。」有佛法有魔事，內有病體，外逢種種障礙，歷經三個地處才得以脫稿。
作其他經論的著述，蕅祖認為「何順且易」，順利容易，唯獨《楞伽》一經，何其「逆且難」，諸多橫逆，困難重重。難道是因為「聖智法門，正破末世流弊」，《楞伽》一經的聖人大智慧，正可以破除末世的種種流弊，激怒了波旬天魔，感得諸多的橫逆困難？
合計十七萬字的《楞伽義疏》與《玄義》，蕅祖願此述，「因語入義，如燈照色」，讀者若能藉著這疏解的言辭，深入《楞伽》義理，點亮明燈，照耀萬物，破除暗蔽，那就不至於辜負蕅祖「損己利人之苦心」了。
蕅祖五十五歲，在歙浦天馬院（今安徽歙縣），撰《起信論裂網疏》。釋迦佛入滅五百年後，學佛者異見滋生，馬鳴菩薩造《大乘起信論》，暢論一心分真如、生滅二門，收空有二門的妙旨。後人妄加議論──馬鳴為「立相」，龍樹為「破相」，二者猶如水火不相容。
蕅祖認為「馬鳴、龍樹，並金口授記，傳佛心宗，其所著述，定不互相乖異。」兩位菩薩皆是遵佛口授，傳佛的心印，著述決不矛盾。
《起信論》有梁、唐二種譯本，蕅祖在佛前拈鬮，擇唐代實叉難陀譯本作疏，以「剖盡兩宗迷執」，將空有二宗解析無礙。弟子成時法師建議用《裂網疏》為書名，「凡十一日草疏成」。上藉諸佛菩薩、馬鳴大師的加被，又有外護，無他緣干擾，遇到性相關頭，與成時法師作種種問辯，因此多有啟發，故作此疏「略無疑滯」。
蕅祖五十六歲，因病歸臥浙江北天目山的靈峰寺，完成《閱藏知津》、《法海觀瀾》。「三藏不可棄，猶飲食之不可廢」，三藏經典如日用飲食，不可廢棄。歷代傳下來的經藏，有的隨年代編入，有的依重譯、單譯分類，致使大小乘經藏混雜，想閱藏者不知輕重緩急，如何入手？
蕅祖三十歲，即發心閱藏，想以「義類詮次」，依經義的類別作為次第。於是隨閱隨錄，歷經八個地處，費時二十七年才完稿。此書完稿後，能令尚未閱藏者「知先後」，知閱藏的順序；已經閱藏者「達權實」，通達經藏的權巧實際。想依經義修行者，能「即約以識廣」，專守一經而廣學眾義。想依經文修持者，能「會廣以歸約」，融會眾義歸於一義，故名《閱藏知津》。
大藏經所說的法門，如甚深無量的大海，若不得要領，如何能觀法海濤瀾？八萬四千法門，蕅祖以五門統收，一律、二教、三禪、四密、五淨土。戒律，指明學佛的起步。教理，明示解悟的途徑。禪觀，明白實踐的行持。密咒，明了微妙的感應。淨土，明辨學佛者最後同歸的地處。
《法海觀瀾》，蕅祖以五門「律學綱維、教觀警策、禪宗要旨、密咒圓因、淨土玄門」，引人觀大藏法海的波瀾壯闊。蕅祖願「得遇此書，開正知見，遍遊法海，如得指南」，得此指南針，深入佛海，可迅疾如風，直抵究竟涅槃的寶所，榮歸故鄉。
上來所列蕅祖著述，除了《閱藏知津》歷時二十七年，《周易禪解》費時四年成書，其他諸疏從舉筆至擱筆，往往數日或數月即成，如《彌陀要解》九日成稿，《唯識心要》兩月成書，《法華會義》六十八天撰成，《占察業報經疏》十五天完稿，《楞伽義疏》七十天脫稿，《起信論裂網疏》則十一天疏成。蕅祖著述之速令人驚歎，若非「宗乘教義兩融通，所悟與佛無異同」（印祖〈蓮宗九祖頌〉），如何能「稱性極談」揮筆而成？
蕅祖五十六歲，完成《閱藏知津》巨著後，還擬訂為二十一種經論作疏。奈何眾生業重福薄，不能感得哲人久住世間，蕅祖「業緣叢簇病緣頻，痛苦呻吟徹暮晨」，病經累月，於隔年元月二十一日，結跏趺坐，向西舉手而逝。
少了蕅祖「名字位中真佛眼」的人天眼目，從此「靈峰埋蔓草，祇樹杳秋煙」（雪廬老人〈恆河〉詩句）。所幸，蕅祖四十七種「釋論」與「宗論」的著述，經弟子成時大師結集，後世學人得以藉此折衷種種異論，縱經千帆風浪也不失南針。
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